Hello,
En attendant plus d'infos, déjà pour répondre à ta question : oui il faut bien faire les flats avec le même train optique et donc avec ton filtre. Par exemple si ton filtre provoque un peu de vignetage, les flats pourront le corriger.
Sinon tu es sur que tu n'as pas eu de passages nuageux ? Des brutes où tu ne vois plus la cible et où le guidage ne fonctionne plus... Ça y ressemble.
Il faut absolument retirer les images mauvaises de l'empilement, sinon le résultat est pourri.
En ce moment le ciel est crade, trop d'humidité dans l'air, en tout cas par chez moi.